MOE（Molecular Operating Environment）是一款专业的分子建模与药物设计软件，广泛应用于药物发现、蛋白质结构预测和化学信息学等领域。下面内容是其核心功能和使用技巧的体系说明：
一、MOE基础功能概览
MOE的核心模块包括：
1. 分子建模
小分子/大分子构建：支持手动绘制小分子或导入蛋白质/核酸结构（PDB格式）。
图形渲染：提供球棍模型、空间填充等多种渲染模式，可调整颜色和光照。
2. 能量优化与构象分析
通过力场计算优化分子构象，寻找能量最低的稳定结构。
3. 分子对接（Docking）
对接类型：
刚性对接：受体和配体构象不变（适合蛋白-蛋白对接）。
半柔性对接：配体构象可变，受体固定（常用小分子-蛋白对接）。
柔性对接：全构象自在变化（计算成本高）。
操作路径：`Compute > Dock` → 选择配体、设置打分函数（如London dG）→ 运行并分析结局。
4. 蛋白质同源建模
通过序列比对预测未知蛋白结构，适用于抗体设计。
5. 药效团建模与虚拟筛选
基于配体/受体结构生成3D药效团，用于化合物库筛选。
二、基础操作流程（以分子对接为例）
1. 启动MOE
图形界面：双击图标启动（Windows/Linux/macOS均支持）。
命令行：Linux体系输入 `./moe`（需先进入安装目录的`bin-lnx64`）。
2. 加载蛋白质与配体
通过 `File > Open` 导入受体（如`1m17.pdb`）和配体文件。
使用 `QuickPrep` 自动修复缺失原子或氢键。
3. 设置对接参数
在 `Dock` 界面选择对接类型（推荐半柔性），指定活性位点（`Site Viewer`）。
4. 运行与分析结局
结局表格包含对接分数（`S`）、能量项（`E_refine`等）和相互影响指纹（`PLIF`）。
通过 `Database View > Browse` 可视化对接构象，调整原子颜色突出关键相互影响。
三、安装指南（以Windows为例）
1. 关闭安全软件
禁用Windows Defender等防护工具，避免误删破解文件。
2. 安装主程序
运行 `moe2019_0102_installer_win.exe`，选择无中文路径（如 `C:moe2019`）。
3. 破解与激活
复制 `patcher.exe` 到安装目录 → 管理员身份运行 → 点击 `Patch`。
将 `license.dat` 复制到安装目录覆盖原文件。
4. 启动验证
首次启动可能弹出小窗口，直接关闭即可正常使用。
> 注：Linux版需赋予执行权限：`chmod +x moe`。
四、高质量功能与技巧
1. 脚本批处理（SVL语言）
使用 `moebatch` 命令运行脚本，实现自动化任务（如批量能量优化）。
2. 静电表面分析
`Surface > Electrostatic Map` 显示结合口袋的疏水/亲水区域，指导药物设计。
3. 动态构象采样
2019版新增pH依赖的构象分析，模拟不同生理环境下的蛋白行为。
五、进修资源推荐
1. 官方教程：安装包自带示例文件（`MOE/sample/mol/`）。
2. 中文社区：
CSDN博客《MOE安装及使用教程》详解对接操作。
B站视频教程（搜索“MOE安装”）提供可视化安装指导。
3. 学术应用案例：
康昱盛官网更新MOE 2019版在药物化学中的新特性。
拓展资料
MOE的核心价格在于一体化解决从分子建模到药物设计的全流程需求。初学者建议从图形界面操作入手（如分子对接和构象分析），熟练后逐步探索脚本批处理和高质量模块（如AMBER自在能计算）。关注版本更新（如2019.01的pH依赖分析）可显著提升研究效率。
